德意志和荷兰

1799年3月，茹尔丹侵入德意志 有4万人的梅恩斯集团军在凯尔渡过莱茵河，开始了同有约8万人的查理大公的作战行动。3月21日在奥斯特拉奇受阻后，茹尔丹大胆地决定攻击在斯托卡奇的大公，主要攻击奥军右翼。查理不知茹尔丹意图，同时正率其半数军队前进，进行火力侦察。
1799年3月25日，斯托卡奇之战 茹尔丹初步的攻击获得了一些地盘，起初他认为已赢得胜利，但查理拚死抵抗，并调来其余的军队，这使他在战场上的人数达到46000人，而茹尔丹仅38000人。奥军的反击突破了茹尔丹联系松散的几个师的中央。此役虽奥军损失6000人，法军损失3600人，但茹尔丹的攻势被粉碎了。夜幕降临时他撤出动摇了的军队，退到莱茵河，退却组织得很好。在那里他辞去了职务。他的军队交马森纳指挥（参见下文）。这一年剩下的时间在德意志没有什么进一步的行动，双方的注意力都集中于瑞士的上莱茵河以南和荷兰的下莱茵河以西的作战行动。
1799年8月，在荷兰的作战行动 27000人的一支英国军队在约克公爵率领下，在得克塞尔之南荷兰半岛的顶端登陆。8月30日，在得克塞尔的荷兰共和国舰队未战斗即向一个英国舰队投降。约克公爵得到俄国2个师增援后发动了攻势。
1799年9月16日，第一次卑尔根之战 俄英联合军队35000人受到布鲁恩率领的22000人法国一巴塔维亚部队迎击。俄国人和英国人不能协调他们的作战行动，被击败了。联军损失4000人；法军伤亡3000人。两周后联军再次进军。
1799年10月2日，第二次卑尔根之战 这一次联军将共和国军队赶出战场，双方各损失约2000人。约克利用有利的形势继续南进。
1799年10月6日，卡斯特里之战 联军在北海沿岸沙丘地带猛烈的战斗中受阻，损失3500人，共和国军队则损失2500人，又是俄英之间缺乏联络造成约克的失败。约克认识到他没有足够的军队将法军逐出荷兰，而且他的主要使命——摧毁荷兰舰队——已经完成，于是他向北撤退。
1799年10月18日，《阿尔克马协定》 这一协定结束了在荷兰的战争。联军从荷兰领土撤退；在英的8000名法国和荷兰俘虏被遣返，但荷兰舰队仍在英国手中。